พุทธศักราช 2106 พระเจ้าหงสาวดีบุเรงนอง ทรงกรีฑาทัพเข้าตีราชอาณาจักรอยุธยาทางด่านระแหงแขวงเมืองตาก ทัพพม่ารามัญซึ่งมีรี้พลเหลือคณานับได้เข้ายึดครองหัวเมืองฝ่ายเหนือของราชอาณาจักรอยุธยาอันมีเมืองพิษณุโลกเป็นประหนึ่งเมืองราชธานีได้เป็นผลสำเร็จ ครั้งนั้น สมเด็จพระมหาธรรมราชา พระราชบิดาของสมเด็จพระนเรศวรหรือพระองค์ดำ ซึ่งเป็นเจ้าแผ่นดินครองเมืองพิษณุโลก จำต้องยอมอ่อนน้อมต่อพระเจ้าบุเรงนองเพื่อรักษาไว้ซึ่งชีวิตอาณาประชาราษฎร์มิให้ต้องมีภยันตรายและจำต้องยอมร่วมกระบวนทัพพม่าเข้าตีกรุงศรีอยุธยา ศึกครั้งนั้นสมเด็จพระมหาจักรพรรดิเจ้าแผ่นดินอยุธยาทรงยอมเจรจาหย่าศึกกับพม่ารามัญ และยอมถวายช้างเผือก 4 เชือก ทั้งให้สมเด็จพระราเมศวรราชโอรส โดยเสด็จพระเจ้าบุเรงนองไปประทับยังนครหงสาวดีตามพระประสงค์ของกษัตริย์พม่า ข้างสมเด็จพระมหาธรรมราชาซึ่งได้ยอมอ่อนน้อมต่อพระเจ้าบุเรงนองก็ได้ถวายสมเด็จพระนเรศวรราชโอรสองค์โตให้ไปเป็นองค์ประกันประทับยังหงสาประเทศเฉกเช่นกัน ครั้งนั้นพระองค์ทรงมีพระชนมายุได้เพียง 9 ชันษา

สมเด็จพระนเรศวรทรงเป็นที่รักใคร่ของพระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองประดุจพระราชบุตรร่วมสายสันตติวงศ์ ด้วยองค์ยุพราชอยุธยาทรงมีพระปรีชาสามารถด้านพิชัยยุทธ ทั้งยังองอาจกล้าหาญสบพระทัยกษัตริย์พม่าซึ่งก็ทรงเป็นนักการทหาร นิยมผู้มีคุณสมบัติเป็นนักรบเยี่ยงพระองค์ พระเจ้า บุเรงนองทรงมีสายพระเนตรยาวไกล แลเห็นว่าสืบไปเบื้องหน้าสมเด็จพระนเรศวรจะได้ขึ้นเป็นใหญ่ในอุษาคเนย์ประเทศ จึงทรงคิดใคร่ปลูกฝังให้สมเด็จพระนเรศวรผูกพระทัยรักแผ่นดินหงสา เพื่อจะได้อาศัยพระองค์เป็นผู้สืบอำนาจอุปถัมภ์ค้ำชูราชอาณาจักรซึ่งพระองค์ทรงสถาปนาขึ้นด้วยความยากลำบาก เป็นที่ประจักษ์ชัดว่าพระเจ้าบุเรงนองนั้นหาได้วางพระทัยในพระราชโอรส คือ มังเอิน(พระเจ้านันทบุเรง) และพระราชนัดดามังสามเกียดนัก ถึงแม้ทั้งสองพระองค์จะทรงเป็นเลือดเนื้อเชื้อไขโดยตรง ด้วยทรงเล็งเห็นว่าราชนิกุลทั้งสองพระองค์นั้นหาได้เป็นผู้ทรงคุณธรรมอันจะน้อมนำเป็นพื้นฐานให้เติบใหญ่เป็นบูรพกษัตริย์ ปกป้องครองแผ่นดินที่พระองค์ทรงสร้างและทำนุบำรุงมาด้วยกำลังสติปัญญาและความรักใคร่หวงแหน เหตุทั้งนี้เป็นชนวนให้พระเจ้านันทบุเรงและราชโอรส มังสามเกียดขัดพระทัย ทั้งผูกจิตริษยาสมเด็จพระนเรศวรซึ่งเป็นที่โปรดปรานของพระเจ้าหงสาวดี บุเรงนองกว่าราชนิกุลข้างพม่าทั้งหลายทั้งสิ้น

พระเจ้าบุเรงนองทรงโปรดให้พระมหาเถรคันฉ่อง-พระรามัญผู้มากด้วยวิทยาคุณและเจนจบ ในตำราพิชัยสงครามเป็นพระอาจารย์ถ่ายทอดศิลปะวิทยาการแก่สมเด็จพระนเรศวร นับแต่เริ่มเข้าประทับในหงสานคร ยังผลให้ยุพราชอยุธยาเชี่ยวชาญการยุทธ กลช้าง กลม้า กลศึก ทั้งข้างอยุธยาและข้างพม่ารามัญหาผู้เสมอเหมือนมิได้ ข้อได้เปรียบตามกล่าวเป็นเสมือนทุนทางปัญญาอันส่งผลให้สมเด็จพระนเรศวรสามารถกอบกู้เอกราช แก้ทางศึกจนมีชัยเหนือพม่ารามัญในภายภาคหน้า
พุทธศักราช 2112 ปรากฏข่าวระบือไปถึงหงสาวดีว่าหัวเมืองพิษณุโลกฝ่ายเหนือแลกรุงศรีอยุธยาราชธานีฝ่ายใต้ของราชอาณาจักรสยามครั้งนั้นเกิดขัดแย้งปีนเกลียวกัน เหตุเนื่องมาจากสมเด็จพระมหาจักรพรรดิเจ้าแผ่นดินอยุธยาเสด็จออกผนวช แลสถาปนาสมเด็จพระมหินทร์ราชโอรสองค์รองขึ้นเสวยราชสมบัติสืบแทนสมเด็จพระมหินทร์ทรงคลางแคลงพระทัยในความจงรักภักดีของสมเด็จพระมหาธรรมราชาแต่ครั้งสงครามชิงช้างเผือกในปีพุทธศักราช 2106 ขณะที่เจ้าแผ่นดินพิษณุโลกก็หาได้ยำเกรงสมเด็จพระมหินทร์เช่นสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ เมื่อเห็นการใดมิควรก็บังคับบัญชาให้สมเด็จพระมหินทร์ปฏิบัติตามพระประสงค์จนเป็นที่ขุ่นเคืองพระราชหฤทัยกษัตริย์อยุธยาพระองค์ใหม่ถึงกับหันไปสมคบกับสมเด็จพระไชยเชษฐาธิราช พระเจ้ากรุงศรีสัตนาคนหุตล้านช้าง ร่มขาวร่วมกันแต่งกลเข้าตีเมืองพิษณุโลก แต่กระทำการมิสำเร็จ พระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองเห็นเชิงสบโอกาสก็ยกทัพใหญ่เข้าตีกรุงศรีอยุธยาอีกคำรบ ครั้งนั้นสมเด็จพระนเรศวรร่วมโดยเสด็จมากับทัพหงสาแต่หาได้ตามพระเจ้าบุเรงนองลงมาล้อมกรุงศรีอยุธยา ทรงประทับอยู่เพียงเมืองพิษณุโลก มีเพียงสมเด็จพระมหาธรรมราชาโดยเสด็จกษัตริย์หงสาลงมาล้อมกรุงด้วยตั้งพระทัยจะเกลี้ยกล่อมให้สมเด็จพระมหินทร์ยอมสวามิภักดิ์พระเจ้าบุเรงนอง เพราะเล็งเห็นว่าอยุธยายากจะต่อรบเอาชัยทัพพม่ารามัญซึ่งมีกำลังไพร่พลเหนือกว่าได้หากขัดขืนต่อรบจะได้ยากแก่สมณชีพราหมณ์อาณาประชาราษฎร์ ศึกครั้งนั้นสมเด็จพระมหาจักรพรรดิทรงลาผนวชมาบัญชาการรบด้วยพระองค์เอง แต่อยู่ได้มิช้านานก็เสด็จสวรรคตเสียระหว่างศึก พุทธศักราช 2112 มะเส็งศก วันอาทิตย์ เดือน 9 แรม 11 ค่ำ กรุงศรีอยุธยาก็เสียแก่พระเจ้าหงสาวดีบุเรงนอง

ข้างสมเด็จพระนเรศวรซึ่งประทับอยู่ยั้งยังนครพิษณุโลกแต่ต้นศึก หาได้ทรงเห็นงามหรือคิดครั่นคร้ามอ่อนน้อมต่อหงสา ถึงจะทรงรู้ซึ้งว่าสมเด็จพระมหาธรรมราชาพระราชบิดามิได้คิดคดเป็นกบฏต่อแผ่นดิน แต่ก็หาได้เห็นด้วยกับการอ่อนข้อสวามิภักดิ์พม่ารามัญ น้ำพระทัยอันมั่นคงเด็ดเดี่ยวนั้น ถึงแม้จะมิได้แพร่งพรายถึงพระกรรณพระเจ้าบุเรงนอง แต่ก็ประจักษ์อยู่ในหมู่ข้าราชบริพารใกล้ชิดผู้รักและหวงแหนในเอกราชของแผ่นดิน จึงพากันนิยมในน้ำพระทัย แลพร้อมใจถวายความจงรักภักดีแต่นั้นมา ครั้นเสร็จศึกอยุธยาพุทธศักราช 2112 สมเด็จพระมหาธรรมราชา ทรงถวายพระสุพรรณกัลยา พระพี่นางสมเด็จพระนเรศวร แก่พระเจ้าหงสาวดีบุเรงนอง แลขอตัวสมเด็จพระนเรศวรไว้ช่วยราชการข้างอยุธยา สมเด็จพระนเรศวรจึงประทับยั้งอยู่ยังเมืองพิษณุโลก สืบต่อมา ครั้นลุปีพุทธศักราช 2114 สมเด็จพระมหาธรรมราชา ซึ่งพระเจ้าบุเรงนองสถาปนาขึ้นเป็นกษัตริย์ครองกรุงศรีอยุธยาสืบต่อจากสมเด็จพระมหินทร์ ก็โปรดให้สมเด็จพระนเรศวรเสวยราชย์ครองเมืองพิษณุโลก เป็นใหญ่เหนือหัวเมืองเหนือทั้งปวง

เหตุการณ์ข้างพม่า หลังจากพระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองสิ้นพระชนม์ในปีพุทธศักราช 2124 พระเจ้านันทบุเรงได้ขึ้นเสวยราชสืบต่อและได้สถาปนามังสามเกียดขึ้นเป็นรัชทายาทครองตำแหน่งมหาอุปราชาแห่งราชอาณาจักรหงสาวดี เมื่อแผ่นดินหงสามีอันต้องผลัดมือมาอยู่ในปกครองของ พระเจ้านันทบุเรง สัมพันธไมตรีระหว่างอยุธยาและหงสาวดีก็เริ่มสั่นคลอน ด้วยพระเจ้าหงสาวดีพระองค์ใหม่มิได้วางพระทัยในสมเด็จพระนเรศวร และสมเด็จพระนเรศวรเองก็หาได้เคารพยำเกรงในบุญบารมีของพระเจ้าแผ่นดินพม่ารามัญเช่นกาลก่อน มิเพียงเท่านั้น สมเด็จพระนเรศวรยังได้ทรงแสดงพระปรีชาสามารถให้เป็นที่ปรากฏครั่นคร้าม ดังคราวนำกำลังทำยุทธนาวีกับพระยาจีนจันตุและศึกเมืองคังเป็นอาทิ พระเจ้านันทบุเรงทรงเกรงว่าสืบไปเบื้องหน้าสมเด็จพระนเรศวรจะเป็นภัยต่อพระราชวงศ์แลแผ่นดินหงสา จึงหาเหตุวางกลศึก หมายจะปลงพระชนม์สมเด็จพระนเรศวรเสียที่เมืองแครง แต่พระมหาเถรคันฉ่องพระราชครูลอบนำแผนประทุษร้ายนั้นมาแจ้งให้ศิษย์รักได้รู้ความ สมเด็จพระนเรศวรจึงถือเป็นเหตุประกาศเอกราช ตัดสัมพันธไมตรีกับหงสาวดี แลกวาดต้อนครัวมอญไทยข้ามแม่น้ำสะโตงกลับคืนพระนคร ซึ่งเป็นชนวนให้พระเจ้านันทบุเรงเปิดมหายุทธสงครามสั่งทัพเข้ารุกรานราชอาณาจักรอยุธยาสืบแต่นั้นมา